Pada masa Pemerintahan Mataram Islam dibawah kekuasaan Sultan  Agung abad ke-17, keberadaan Kabupaten Pekalongan secara administratif merupakan Bagian dari wilayah kesatuan kerajaan Mataram Islam. Kerajaan Mataram dibawah tampuk pemerintahan Sultan Agung mencapai kejayaannya. Wilayahnya meliputi wilayah Jawa Tengah, Jawa Timur dan Jawa Barat. Adapun Jakarta belum berhasil ditaklukkan karena dikuasai oleh Belanda dibawah Gubernur Jenderal Jan Pieter Zoon Coen mulai tahun 1619. Keberhasilan tersebut ditunjang Doktrin Keagungbinataraan, yaitu kekuasaan Raja Mataram harus merupakan ketunggalan, utuh dan bulat. Artinya kekuasaan tersebut tidak tersaingi, tidak terkotak-kotak atau terbagi bagi dan merupakan  keseluruhan (tidak hanya bidang-bidang tertentu).

Pada bulan Maulud Nabi Muhammad Saw. selalu diadakan Gerebeg Maulud, yaitu peringatan kelahiran Nabi Muhammad Saw. yang biasa jatuh pada     tanggal 12 Rabiul Awal, sekaligus diadakan acara "Paseban" (berkumpulnya para Bupati dan Tumenggung serta para pejabat lainnya untuk melaporkan situasi/keadaan di daerah masing-masing dan penyerahan upeti).

Pada acara tersebut juga dimanfaatkan oleh Sultan Agung untuk pengangkatan bupati-bupati baru dan pejabat baru lainnya. Menurut pandangan tim, keberadaan Sultan Agung dalam memimpin  kerajaan Mataram terlebih pada saat perlawanan terhadap penjajah Belanda sudah tidak diragukan lagi keberadaannya sebagai Raja yang Gung Binatoro sehingga tepat apabila sekarang diangkat sebagai Pahlawan Nasional.

Perlawanan Mataram terhadap penjajah Belanda mencapai puncak disaat penyerangan ke Batavia pada tahun 1628, dimana Pangeran Manduraredja dan Bahureksa ditunjuk sebagai Panglima perangnya.

Secara geografis Kabupaten Pekalongan terletak pada jalur pantura dan perdagangan laut yang cukup setrategis, sehingga pada saat penyerangan ke Batavia Kabupaten Pekalongan sebagai kantong/ lumbung perbekalan. Setrategi ini juga digunakan Sultan Agung untuk mengumpulkan kekuatan-kekuatan didaerah.

Dari bukti inilah menunjukan bahwa Kabupaten Pekalongan termasuk daerah yang dipersiapkan dalam rangka penyerangan ke Batavia. Sehingga menurut pandangan tim, dijadikan alternatif  dan bukti bahwa secara administratif Kabupaten Pekalongan merupakan bagian dari kesatuan Kerajaan Mataram.

Terlebih lagi dengan diangkatnya Pangeran Manduraredja sebagai Bupati Pekalongan yang mempunyai kekuasaan tertinggi di Kabupaten Pekalongan dan bertanggung jawab sebagai penyelenggara pemerintahan, serta secara hirarki wajib melaporkan segala sesuatunya kepada raja termasuk penyerahan upetinya.