Keberadaan Kabupaten Pekalongan secara administratif sudah berdiri cukup lama yaitu 3812 tahun yang lalu. Berdasarkan kajian ilmiah oleh Tiem Peneliti Sejarah Kabupaten Pekalongan muncul lima prakiraan tentang kapan Kabupaten Pekalongan itu lahir, lima prakiraan yang menjadi kajian adalah masa prasejarah, masa Kerajaan Demak, masa Kerajaan Islam Mataram, masa Penjajahan Hindia Belanda dan masa Pemerintahan Republik Indonesia.

Hari Jadi Kabupaten Pekalongan telah ditetapkan pada Hari Kamis Legi Tanggal 25 Agustus 1622 atau pada 12 Robiu'l Awal 1042 H pada masa pemerintahan Kyai Mandoeraredja, beliau merupakan Bupati/Adipati yang ditunjuk dan diangkat oleh Sultan Agung Hanyokrokusumo/ Raja Mataram Islam dan sekaligus sebagai Bupati Pekalongan I, sedangkan penentuan hari dan tanggalnya diambil dari sebagaimana tradisi pengangkatan Bupati dan para pejabat baru dilingkungan Kerajaan Mataram.

Pembangunan Kabupaten Pekalongan sudah dilakukan sejak zaman Pemerintahan Adipati Notodirdjo (1879 -1920 M) di komplek Alun-alun utara no 1 Kota Pekalongan, bangunan tersebut merupakan rumah  bagi para Bupati Pekalongan sekaligus sebagai tempat aktivitas perangkat pemerintahan dengan berbagai elemen masyarakat untuk bersilaturakhmi, bermusyawarah dan mencurahkan pemikiran atau unek-unek berbagai kehendak dihadapan bupati.

Proses pemindahan Ibukota Kabupaten Pekalongan diawali dengan peresmian sekaligus penggunaan Gedung Sekretariat Daerah Kabupaten Pekalongan di Kajen oleh Bupati Drs. H Amat Antono pada tanggal 25 Agustus 2001, kepindahan itu merupakan salah satu tonggak sejarah sebagai momen diawalinya Kajen sebagai Ibukota Kabupaten Pekalongan.

Secara bertahap pembangunan untuk melengkapi prasarana menjadi simpul-simpul penggerakan dan pengembangan sebagai sebuah ibukota kabupaten juga telah dibangun rumah dinas Bupati dan Pendopo yang selesai bertepatan dengan hari Jum'at Pon 19 Dzulhijjah 1423 H atau tanggal 21 Februari 2003 yang diresmikan secara langsung oleh Menteri Dalam Negeri Bapak Hari Sabarno atas nama Presiden Republik Indonesia Ibu Hj. Megawati Soekarnoputri pada tanggal 5 April 2003.  Untuk peringatan hari jadi Kabupaten Pekalongan pada tahun 2006 ini adalah merupakan peringatan hari jadi yang ke 384 tahun.

Untuk mendayagunakan kegiatan pembangunan daerah secara merata diperlukan suatu acuan untuk memotivasi, menggerakkan dan mengerahkan seluruh potensi masyarakat Kabupaten Pekalongan  Motto Kabupaten Pekalongan adalah Kota " SANTRI" merupakan singkatan dari  Sehat, Aman, Nyaman, Tertib, Rapih dan Indah.