Masa-masa awal perkembangan Pekalongan tidak banyak disebut dan sumber-sumber asing baik Portugis maupun Belanda , seperti dalam Reis Journalen, Suma Oriental (Tome Pires, 1994), Scheep togt van Tristanto d'acunha (Pieter Van Der Aa, 1706) The Voyager of Jonh Huygen van Linschouten to the east Indies ( A.C Burnell dan P.A Tiele, 1884), dan catatan perjalanan lainnya.

Sumber -sumber tersebut menyebutkan nama kota-kota di pantai  Utara Jawa pada Abad XVI seperti Cirebon, Tegal, Kendal, Demak, Jepara, Tuban, Sedayu, Gresik dan Surabaya, akan tetapi tidak menyebutkan Pekalongan.

Sementara itu nama Pekalongan dan data historisnya dapat ditelusuri  dalam Babad Tanah Jawa, Babad Mataram, Serat Khandaning Ringgit Purwo, Serat Pustaka Raja  Purwo, Babad Sultan Agung , Dagh Register (1623 - 1799) , Opkomst Van Het Nederlandsch gezag in Oost Indie ( J.K.J de Jonge  & M.L  Van Deventer , eds; 1862 - 1909, 13 jilid ), laporan VOC lainnya, laporan Pemerintah Hindia Belanda, Buku-buku dan Publikasi lainnya seperti regering Almanak van Nederlandsch Indie (1820-1850) dan Oud end Nieuw Oost Indie (F. Valentijn) dan Sumber lainnya.

Pada masa ini administrasi pemerintahan secara keseluruhan berdasarkan keseluruhan berdasarkan keputusan dari pemerintah Hindia Belanda, misalnya bentuk pemerintahan Kabupaten yang disebut Regent, adalah bentuk pemerintahan yang dipimpin oleh seorang Bupati.