Pendidikan merupakan bagian integral dari pembangunan. Pendidikan dapat di jadikan indikator kemajuan suatu bangsa. Pendidikan adalah salah satu faktor untuk meningkatkan sumber daya manusia (SDM). Karena pembangunan tidak bisa mengandalkan pada sumber daya alam semata-mata, maka usaha dalam meningkatkan kualitas sumber daya manusia mutlak diperlukan. Dengan pendidikan kualitas penduduk akan meningkat dan menjadi lebih baik. Makin tinggi tingkat pendidikan suatu bangsa, maka semakin tinggi pula tingkat kemajuan bangsa tersebut.

Di Kabupaten Pekalongan untuk tingkat pendidikan pra sekolah (TK) yang terdaftar di Dinas pendidikan Kabupaten Pekalongan tahun 2010 mengalami kenaikan jumlah sekolah. Namun jumlah kelas, murid, dan guru mengalami penurunan. Jumlah sekolah naik 1,36 persen, jumlah kelas turun 6,21 persen jumlah murid turun 8,19 persen, dan jumlah guru mengalami penurunan 2,56 persen. Sementara itu RA/BA yang tercatat si Kantor Departemen Agama Kabupaten Pekalongan, jumlah sekolah, kelas, dan guru mengalami kenaikan. Namun, jumlah murid justru menurun. Untuk Madrasah Diniyah Alawiyah pada tahun 2010 jumlah sekolah dan muridnya bertambah, dan jumlah gurunya berkurang.
Untuk tingkat pendidikan dasar SD pada tahun 2010 mengalami kenaikan jumlah kelas dan guru, sedangkan jumlah murid turun 1,91 persen. Untuk sekolah MI, terjadi kenaikan baik jumlah sekolah, murid maupun jumlah guru.

Pada tahun 2010 untuk tingkat SLTP terjadi peningkatan untuk jumlah sekolah maupun guru. Sedangkan jumlah kelas dan muridnya mengalami penurunan. Di tingkat pendidikan SLTA, baik jumlah sekolah, kelas, murid maupun guru terjadi peningkatan yang relatif tinggi.
Untuk jenjang pendidikan Madrasah Tsanawiyah terjadi peningkatan baik pada jumlah kelas dan guru, tapi jumlah murid justru menurun. Lain halnya dengan Madrasah Aliyah yang hanya mengalami peningkatan jumlah gurunya saja. Sementara jumlah murid, dan kelasnya justru mengalami penurunan.

Seiring dengan meningkatnya pembangunan dibidang pendidikan, ada 3 perguruan tinggi Kabupaten Pekalongan yaitu STIKES Muhammadiyah, Akademi Analis Kesehatan (AAK) dan POLITEK Muhammadiyah.
Pada tahun 2010 di Kabupaten Pekalongan ini terjadi penurunan jumlah pondok pesantren sebesar 16,52 persen. Demikian juga jumlah santri yang turun sebesar 21,96 persen.

Sumber : Kabupaten Pekalongan Dalam Angka (DDA Th.2010, Bappeda & BPS Kabupaten Pekalongan).