Data sejarah pada periode abad ke 15 dan abad ke 16, diperoleh melalui sumber-sumber tertulis disamping sumber-sumber peninggalan bangunan makam kuno, kuburan dan bangunan lain dari masa perkembangan Islam di Jawa.

Pada masa abad ke 16 diduga wilayah Pekalongan telah menjadi daerah yang dilewati oleh    hubungan    komunikasi  dari  dua kerajaan Islam Demak dan Cirebon, dan pada masa kemudian menjadi wilayah pengaruh kerajaan Mataram Islam pada abad ke 17. Selanjutnya pada abad ke 18 wilayah Pekalongan menjadi  pengaruh VOC (Verenigde Oost Indische Compagnie), Persekutuan dagang di India Timur - Belanda, terutama sejak tahun 1743, yaitu setelah VOC menerima imbalan jasa bantuan yang diberikan VOC kepada Mataram.

Sejak 1800-an sampai 1942 Wilayah Pekalongan secara langsung menjadi wilayah administratif wilayah Pemerintahan Hindia Belanda, atau disebut wilayah Gubernemen. Sementara itu setelah lahirnya wilayah Republik Indonesia pada 1945 Wilayah Pekalongan tidak beda dengan wilayah lainnya menjadi Wilayah administrasi  Pemerintahan Republik Indonesia.